本季紧接马莱篇，艾伦·耶格尔在获得始祖巨人之力后，独自潜入马莱，发动了震惊世界的“威利·戴巴宣战布告”袭击。随后，他回到帕拉迪岛，与岛内强硬派联手，控制了军队。为了彻底终结巨人之力带来的仇恨连锁，艾伦启动了“地鸣”，驱使成千上万的超大型巨人踏平岛外的一切。曾经的战友——三笠、阿尔敏、让、康尼、莱纳、皮克等人——震惊于艾伦的灭世行径，他们虽然理解艾伦的绝望，却无法认同以屠杀无辜者来换取帕拉迪岛自由的做法。于是，这群背负着“背叛者”之名的昔日同伴，组成了“救世小队”，驾驶飞艇穿越充满巨人的海洋，试图阻止艾伦。在始祖巨人那由无数巨人骨骼构成的巨大骨架中，
第三季（最终季后半）以一种近乎残忍的叙事美学，完成了这部史诗的落幕。MAPPA的制作将绝望与壮丽融合到了极致，巨人的战斗场面宏大且充满悲壮感。最重要的是，动画组完美地呈现了原作漫画中那种复杂到令人窒息的思想博弈。它不是在讲正义与邪恶，而是在讲立场、自由与代价。艾伦从一个复仇者变成了一个背负所有罪恶的殉道者，这种角色弧光堪称动画史上的经典。结尾的处理虽然充满争议，但无疑会让所有观众陷入长久的思考，它是一部注定载入史册的作品。
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