第五季开篇即高能。施莱德的残余势力与朗格联手，启动了“现实分裂器”，导致宇宙时间线发生错乱。忍者神龟四兄弟：莱昂纳多、米开朗基罗、多纳泰罗和拉斐尔，被随机弹射到了四个截然不同的平行未来。每个未来中，纽约市都已被毁灭，而唯一幸存的兄长或弟弟，在长期的孤独与绝望中，已经成长为性格完全扭曲的极端独裁者。莱昂纳多面对的，是一个只剩下暴力崇拜、由独臂拉斐尔统治的废土；米开朗基罗面对的，是一个被机械狂魔多纳泰罗改造成数字监狱的虚拟世界。为了修复现实，四个被分裂的神龟必须在每个时空中对抗并“唤醒”黑化的兄弟，同时阻止各自时空的朗格完全吞并主宇宙。这是一场关于兄弟情义的最残酷考验。
彻底颠覆了系列传统的欢乐基调，走向了黑暗成人风。四个平行世界的设定脑洞大开，每一种“黑化版神龟”的设计都极具创意和悲剧色彩。动作场面依然是顶级水准，但本季真正闪光的是对角色内核的深度挖掘，尤其是拉斐尔变成废土军阀的剧情线，充满了莎士比亚式的悲剧感。
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